Depois de um port bem sucedido de Resident Evil 2 para o Nintendo 64, a Capcom decidiu investir mais uma vez no poder do console, e anunciou, no início de 2000, que estava desenvolvendo um título inédito, o prequel Resident Evil Zero.
O jogo seria desenvolvido pela empresa Flagship, pertencente ao produtor da Capcom, Yoshiki Okamoto, e teria a mesma trama que já conhecemos do Resident Evil Zero que acabou sendo lançado para outro console da Nintendo, o Gamecube, em uma época de exclusividade entre a empresa com a Capcom.
Tudo o que conhecemos sobre a versão de Resident Evil Zero para o Nintendo 64 foi mostrado em feiras e convenções especializadas em games, como a Tokyo Game Show e a E3. O único cenário apresentado na época foi o do trem, no começo do jogo, onde Rebecca e Billy se encontram e passam a trabalhar juntos para garantir a sobrevivência de ambos.
Graças ao poder do cartucho utilizado na época do Nintendo 64, os recursos já conhecidos de Resident Evil Zero, como a troca de personagens em tempo real e a troca de itens entre eles, além da possibilidade de deixar itens no chão para poder colocar outros no inventário, estariam presentes na versão para o 64 bits, e os produtores prometiam que o jogo seria o mais difícil de toda a série.
No entanto, o que fez, então, com que esta versão Resident Evil Zero fosse descartada e se tornasse conhecida entre a comunidade de fãs como uma versão beta do game? A Capcom nunca deu uma razão oficial, mas o Nintendo 64 já estava no fim de seus dias e a geração 128 bits já estava batendo na porta. De qualquer forma, pouco tempo depois, o jogo foi oficialmente cancelado e, posteriormente, anunciado para outro console da Nintendo, o Gamecube, que entrava para a disputa dos 128 bits na época.
É importante salientar que o Gamecube oferecia o melhor hardware para o que os produtores buscavam e, em 2002, Resident Evil Zero saiu para o novo console, com gráficos incríveis e com a devida qualidade de um jogo desenvolvido pela Capcom.